營利事業基於權責基礎所認列之年終獎金，究應於認列獎金支出年度，亦或實際發放年度列報薪資支出？參照財政部59年6月23日台財稅字第24721號令規定，「查員工年終獎金依所得稅法第14條規定係屬薪資範圍，在採用以權責發生制為會計基礎之營利事業，該獎金倘經營利事業依同法第32條規定於公司章程載明，或股東會預先議決，或經事業與職工預先約定應予支付並定明給付標準者，則在年度決算前雖未實際支付，但其權責業已發生，當期結算應准以應付款列帳核認。反之，此項獎金如在決算前未有上述權責之發生，而係於次年度方決定支付時，當應併同次年度薪資支出予以核實認定。」另於財政部65年7月26日台財稅字第34969號函亦有類似核釋，「營利事業員工年終獎金如在年度結束以前，已有權責發生，得以當年度「應付費用」列帳，俟實際給付時，再依法扣繳所得稅款。」因此，營利事業基於權責基礎認列之獎金支出，雖至年度結束日尚未發放，但仍得為當年度之薪資支出。惟營利事業需備妥上述證明文件，以供稽徵機關核參。
就以往發生之某一案例觀察，該公司於102年度列報應付費用–員工年終獎金3,500萬元，但因無法提出列報應付員工年終獎金的計算標準、會議決議資料或預先約定發放獎金的約定資料等，甚至在104年間亦還無法提出實際給付予員工年終獎金之轉帳匯款給付及扣繳所得稅款等證明文件，該公司經國稅局調整增加102年度課稅所得額3,500萬元，補稅595萬元。
因此再次特建議各營利事業，基於權責基礎估列各類獎金，應檢視相關證明文件及未來實際給付的狀況，免遭稽徵機關補稅。