財政部109年3月10日台財稅字第10904530540號令
嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法
第一條
本辦法依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例（以下簡稱本條例）第4條第3項規定訂定之。
第二條
本辦法用詞，定義如下： 一、請假期間，指符合下列情形之一者： （一）員工經各級衛生主管機關認定應接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫而請防疫隔離假之期間。 （二）員工為照顧生活不能自理之受隔離或檢疫家屬而請防疫隔離假之期間。 （三）員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假之期間。
二、員工：指受機關（構）、事業單位、學校、法人、團體僱用從事工作獲致薪資者。
三、給付薪資金額：指薪金、俸給、工資及其他因從事工作獲致之經常性給與。但不扣除應付所得稅、保險費及工（公）會會費。
第三條
機關（構）、事業單位、學校、法人、團體給付其員工於請假期間之薪資，依下列方式自其當年度所得額中減除： 一、屬應辦理營利事業所得稅結算、決算或清算申報者，得就其給付薪資金額之200%，自當年度營利事業所得額減除。
二、屬應辦理綜合所得稅結算申報之執行業務者、私人辦理補習班、幼兒園及養護、療養院（所），得就其給付薪資金額之200%，於核實計算申報當年度執行業務所得或其他所得中減除。
第四條
適用本條例第四條第一項規定之機關（構）、事業單位、學校、法人、團體，給付其員工請假期間之薪資金額，應減除政府補助款部分，且以稅捐稽徵機關核定數為準。
機關（構）、事業單位、學校、法人、團體給付前項之薪資金額，如已適用其他法律規定之租稅優惠，不得重複適用本辦法之規定。
機關（構）、事業單位、學校、法人、團體依本辦法規定得減除之金額，以減除當年度依所得稅法第14條第1項第2類、第10類或第24條規定計算之所得額至零為限；依前開所得稅法規定計算所得額已為負數者，不得依本辦法規定適用加倍減除。
第五條
申請適用本條例第4條第1項規定之機關（構）、事業單位、學校、法人、團體，應於辦理當年度所得稅結算、決算或清算申報時，依規定格式填報，並檢附薪資金額證明、依前條規定計算之明細表及下列文件： 一、員工因居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫而請防疫隔離假者： （一）員工請防疫隔離假之假單、請假紀錄或其他證明文件。 （二）各級衛生主管機關開立之居家隔離通知書、居家檢疫通知書、集中隔離證明、集中檢疫證明或其他證明文件。
二、員工為照顧生活不能自理之受隔離、檢疫家屬而請防疫隔離假者： （一）員工請防疫隔離假之假單、請假紀錄或其他證明文件。 （二）受照顧者符合前款第二目規定之受隔離或檢疫證明文件。
三、員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假者： （一）員工請假單、請假紀錄或其他證明文件。 （二）符合依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假之證明文件。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
機關（構）、事業單位、學校、法人、團體依第一項規定填報之資料有疏漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正者，稅捐稽徵機關應不予受理。
第六條
依本辦法規定申請加倍減除之薪資金額，經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，依所得稅法第110條有關短漏報稅額規定及依稅捐稽徵法第48條第1項有關停止並追回其享受獎勵待遇之規定處理。
第七條
本辦法自中華民國109年1月15日施行。